Po usunięciu cewnika Pacjent może odczuwać bóle i pieczenie w cewce moczowej i pęcherzu, może oddawać mocz często, i z domieszką krwi. Możliwe jest również popuszczanie moczu. Są to zwykle stany przejściowe. Zabieg elektroresekcji jest stosunkowo bezpieczny ale w pewnych wypadkach mogą wystąpić powikłania takie jak krwawienie śród- i pooperacyjne z koniecznością przetoczenia krwi, zakażenie, które mogło być wynikiem przerostu gruczołu krokowego, tak zwany zespół poresekcyjny mogący prowadzić do uszkodzenia narządów wewnętrznych, przetoka cewkowo-odbytnicza, pooperacyjne zakażenie układu moczowego, zwężenie cewki moczowej, nietrzymanie moczu, zaburzenia wzwodu prącia, brak gwarancji wyleczenia, nawrót choroby. Część z wymienionych komplikacji może wymagać ponownego zabiegu lub operacji otwartej. Po zabiegu może wystąpić zjawisko „wstecznego wytrysku”. Polega ono na tym, że w czasie wytrysku nasienie nie wydostaje się na zewnątrz przez cewkę lecz jest wydzielane do światła pęcherza moczowego skąd wydostaje się przy pierwszym oddaniu moczu.
Wskazana jest wizyta kontrolna ok. 14 dni po zbiegu celem oceny leczenia i omówienia wyniku histopatologicznego.